Matematik-Bilgisayar Bölümü Matematik ve Bilgisayar bilimleri dallarında Yüksek Lisans derecesi veren iki program sunmaktadır. Bunlar:

1. Matematik-Bilgisayar Bölümü Tezli Yüksek Lisans Programı,
2. Matematik-Bilgisayar Bölümü Tezsiz Yüksek Lisans Programı

Her iki program da ileri düzeyde çalışmalar yapmak isteyen öğrencileri içinde bulunduğumuz bilgi çağında çeşitli sektörlerin gereksinim duyduğu uzman personel olacak şekilde eğitmek üzere planlanmıştır. Dersler, matematik ve bilgisayar biliminin çeşitli dallarından seçilmiş ve son derece esnek bir program oluşturulmuştur.

Tezsiz programın amacı, sosyal bilim, fen ve mühendislik mezunlarından matematik ve bilgisayar bilimi konusunda kendini geliştirmek isteyenler için gerekli dersleri vermektir. Program halen çalışan adaylar da düşünülerek hazırlanmıştır. Gerekli dersler için temeli olan adaylar programa doğrudan başlayabilirler. Diğerleri, Enstitü’nün kuralları ve yönetmelik gereği, bir hazırlık programına tabi tutulur.