Bilgisayar mühendisliği yüksek lisans programı alandaki yeni gelişmeler ışığında öğrencilerin temel bilgisayar mühendisliği bilgilerini derinlemesine anlamalarını amaçlamaktadır. Bu program öğrencilerin özel ve devlet kurumlarında kariyer yapabilmeleri ve akademik kurumlarda araştırma ve öğretim faaliyetlerinde görev alabilmeleri için hazırlanmıştır.

Bu program öğrencilere bilgisayar mühendisliğinin teorik, teknolojik ve uygulamalı yönlerini bütünüyle sunmaktadır. Temel araştırma alanları şunlardır: Yapay Zeka, Veri Madenciliği, Makine Zekası, Örüntü Tanımlama, Görüntü İşleme, Bilgisayar Ağları, Ağ ve Veri Güvenliği, Şifreleme, Gömülü Sistemler, Yazılım Mühendisliği, Paralel Programlama, Yazı Sınıflandırması, Bilimsel Hesaplama, Nano Teknoloji, Yönetim Bilgi Sistemleri, Bilişsel Bilimler ve Doğal Dil İşleme.

Yükek lisans progamı tezli ve tezsiz olmak üzere iki seçeneğe sahiptir. Her iki seçenekte de öğrenciler birinci dönemlerinde olmamak koşuluyla CENG 590 Y. Lisans Semineri dersini almak zorundadır. Her iki seçenek için CENG 501 İşletim Sistemleri ve CENG 502 Bilgisayar Ağları ve İletişim dersleri diğer zorunlu derslerdir. Tezli seçeneğe devam eden öğrenciler aynı zamanda CENG 591 Özel Çalışmalar ve CENG 599 Tez derslerini almak zorundadır. Bu programa başvuru yapmak için Bilgisayar Mühendisliği veya diğer mühendislik ve Fen Bilimleri alanlarının birinden Lisans derecesine sahip olmak gereklidir. Çankaya Üniversitesi’nde öğretim dili İngilizce’dir. Bu yüzden başvuruda bulunanların İngilizce bilmeleri gerekmektedir.